聖魂村（せいこんむら）で鍛冶職人の父と暮らす少年・唐三（タン・サン）は、父の世話の傍ら、秘伝書「玄天宝録（げんてんほうろく）」の修練に励む日々。ある朝、夢で「覚醒」を促す声を聞く。その日、唐三は森で巨大なクモに襲われ、武魂（ぶこん）を操って狼に変身する男に救われた。男は武魂殿（ぶこんでん）の素雲涛（スー・ユンタオ）と名乗り、唐三に外の世界の話をする。人は皆、武魂を持っていること、クモは“魂獣（こんじゅう）”、自分は“魂師（こんし）”であること…。素雲涛は、村の子供たちのため武魂覚醒の儀式を執り行うことになり、唐三も招かれるが…。

唐三は武魂殿の推薦で、諾丁（だくてい）の町にある初等魂師学苑に入ることになった。父は「玄天宝録」の存在を秘すよう釘を刺す。学苑には、武魂に詳しい不思議な雑用係“大師”を始め、一癖ある面々が待ち受けていた。行きがかり上、殺されかけていたウサギを救ったことから、唐三は町の支配者の御曹司・蕭塵宇（シャオ・チェンユー）に敵視される身に。さらに寮では同室の王聖（ワン・ション）に「親分の座をかけた戦い」を挑まれ、やたらと唐三になつくウサギ武魂の少女・小舞（シャオウー）も現れて…。

唐三を目の敵にする蕭塵宇は、唐三に恥をかかせてやろうと実戦の授業で不意打ちを仕掛けるが、難なくかわされる。蕭塵宇は、唐三には秘められた力があるのではないかと疑い始めた。一方の唐三は、藍銀草（らんぎんそう）という最弱の武魂を持つがゆえに、教師に「実戦より理論を極めろ」と言われてしまう。落胆した唐三が大師の部屋を訪ね、自分は本当に魂師になれるのかと尋ねると、大師は、長年の研究により明らかになった藍銀草の長所を説き始める。

唐三が小舞と町に出ている隙に、蕭塵宇は魂師会の会長に収まり、２人に対する嫌がらせを画策していた。さらに蕭塵宇は、部下に運ばせた瀕死の魂獣にとどめを刺し、その魂環（こんがん）を得ることで力を高め魂師になることに成功。その様子を盗み見た唐三が大師に報告すると、大師は唐三が魂環を得て魂師になれるよう手を貸そうと持ちかけた。その夜、大師は森に入る手形を入手すると、唐三を連れて魂獣が生息する“猟獣（りょうじゅう）の森”へと足を踏み入れるのだった。

猟獣の森で蕭塵宇の一行に遭遇し取り囲まれてしまった唐三と小舞。そこへ巨大な曼陀羅蛇（まんだらじゃ）が現れ、一行を相手に暴れ始めた。大師は、自身の理論に基づき、その蛇の魂環が唐三に最適だと断言。小舞に危険だと止められるも、大師を信じて激闘の末に蛇を仕留めた唐三は、ついに百年魂環を獲得した。だが、負傷した大師がさらわれ監禁されてしまう。翌日の日没までに現れないと大師を殺すとの脅迫を受け、死を覚悟で救出に向かった唐三だが……。

捕らわれた大師と小舞を檻から救出する際、唐三の藍銀草は焼き切れて力を失った。蕭塵宇の報復を避けようと、３人は諾丁を脱出し聖魂村へ。ところがその頃、蕭塵宇は意外な人物に殺害されていた。城主配下の魂尊（こんそん）・凌風（リン・フォン）は、唐三たちを下手人として始末すべく、手勢を率いて村に迫る。一方、唐三の父・唐昊（タン・ハオ）に会った大師は、見覚えがある顔だと記憶を辿っていた。そんな中、唐三は急いで第二の魂環を得て藍銀草を修復せねばならず…。

何とか２つの魂環を手に入れた唐三。再会した唐昊に、一緒に暮らして自分を鍛えてほしいと懇願するが、唐昊は大師に唐三を託し、「自分にはなすべきことがある」と言い残して姿を消す。諾丁学苑には戻れなくなった唐三と小舞は、改めて別の学苑へ入学することに。「怪物学苑」という通称を持つ史蘭客（しらんかく）学苑には、超人的な能力を持つ学生が集まるという。入学試験が行われるという旅店にやってきた唐三たち。そこで出会ったのは…

入学試験を待つ唐三らの前に、「史蘭客学苑を志願する者は敵だ」と豪語する謎の男が現れる。目の前で宿の雑用係が殺され、憤慨した唐三は小舞と共に謎の男に戦いを挑むが、実はその戦いこそが史蘭客学苑の入学試験だった。唐三と小舞、そして２人に助太刀した朱竹清（ジュー・ジューチン）は、戦いぶりが認められて合格。翌日、唐三らは学苑へと案内されるが、なんと経営難ゆえに校舎もなく、家賃の安い寒村に間借りしている状態だった…。

史蘭客学苑の学苑長・蘭徳（ラン・ドー）は、唐三を追ってきた大師こと玉小剛（ユー・シャオガン）を見て驚く。2人は旧知の仲だったのだ。蘭徳に誘われた大師は、教官として無償で武魂理論の授業を受け持つことになった。唐三に敵対的な学生・戴沐白（ダイ・ムーバイ）は、大師のこともよく思わない。学苑長は学生の団結力を強める課題として、不思議な現象が起こった夜火村の調査を命じる。村長はなぜか調査に及び腰、学生間の協力もあまりうまくいかない中、ある重要人物が浮上する。

火事で生き残った少年・馬紅俊（マー・ホンジュン）を捜す史蘭客の一行。唐三は、村中で目に付くニワトリたちが、どれもフンを落とさない不自然さが気になっていた。戴沐白と朱竹清は紅俊に遭遇したものの、紅俊はなぜか怯えて逃げ出し、姿を消してしまう。その頃、武魂殿から来た聴講生・胡列娜（フー・リエナー）は、紅俊と村長のそばに出没する怪物の動向を単独で探っていた。村の空き家からつながる謎の異空間を発見した列娜は、戴沐白を誘って踏み込む。

唐三たち一行は、村長が隠していた馬紅俊を発見した。火事場で目撃された怪物が、紅俊の父親の変わり果てた姿だと知った唐三たちは、真相を求め紅俊と共に異空間へ。だが現れた怪物と戦っている間に、追ってきた村長に紅俊を連れ去られてしまう。異空間に再現された紅俊の家は、立ち入りを阻む火の壁に囲まれ、家の中には変異武魂・邪火鳳凰（じゃかほうおう）が。村長は紅俊に鳳凰を取り込むよう命じ、秘められた謀計を語り始める。

唐三は武魂殿父親から授かった力を制御できなくなり、燃えさかる炎に包まれた馬紅俊は、唐三の決死の呼びかけでようやく正気を取り戻す。唐三に促された蘭徳は、家族も住む家も失って途方に暮れている紅俊を連れ帰ることに。学苑へ戻った一同の前に入学希望だという娘が現れるが、蘭徳はすでに締め切ったからと取り合わない。そこで彼女は父親から預かった手紙を差し出した。一読した蘭徳は途端に態度を変え、歓迎の笑みを浮かべるのだった。

戴沐白は学苑長に内緒で町へ出ては、闘魂場の賭け試合に出場して腕を磨いていた。それを聞いた馬紅俊が自分も試合に出て父親の仇（かたき）を捜したいと言いだし、唐三と小舞も町へ同行する。しかし、試合での馬紅俊は武魂をうまく制御できず、戦うたびに会場は大混乱に。事態を知って、皆に出場を禁じようとする学苑長だったが、経験を積ませるべきだと大師が説得。馬紅俊に武魂を操る特訓を命じ、その指導を戴沐白に一任する。

闘魂場で、馬紅俊が捜す不楽（ブーロー）を見つけて追い詰めた唐三だったが、逆に小舞が毒にやられてしまう。解毒薬を手に入れるため唐三たちは星斗鎮（せいとちん）へと向かうことになるが、そこは魂環を求めて凶悪な逃亡犯たちが集まる無法地帯だった。町で荒くれ者に取り囲まれた唐三らの前に黒衣の男が現れ、見えない武魂で荒くれ者を殺してしまう。葉知秋（イエ・ジーチウ）と名乗るその男は、小舞の解毒薬が欲しければ自分を手伝えと、唐三に謎の小瓶を渡すのだった。

史蘭客学苑の一行は欧思客の格上げのため、危険だらけの星斗（せいと）の森に。最適な魂獣を捕獲し、欧思客は３つめの魂環を獲得、食物系魂師としての技量を高めることに成功するが、大師は後をつけてくる素雲涛に気づいていた。皆と別れて接近を試みると、黒い煙状の怪物に素雲涛は殺されてしまった。一方、不穏な気配が色濃くなったため星斗鎮へ戻ろうとする唐三たちの前に、森の王である巨神大猿（きょしんおおざる）が現れ、小舞が連れ去られてしまう。

かつての因縁がある隻眼（せきがん）の人面魔蛛を倒した唐三。さらわれた小舞を救うため、第三の魂環にしようとするが、駆けつけた大師に止められる。強すぎる魔蛛の魂力を唐三が取り込めば命が危ない。そこへ現れたのは、魔蛛を譲ればふさわしい魂獣を提供するという老魂師・龍公（りゅうこう）らだった。同行の若い娘の額に花の飾りが。葉知秋が唐三に指示した標的・独孤雁（ドゥーグー・イエン）だった。小舞救出を焦る唐三は龍公の申し出を拒み、魔蛛の魂環に手を伸ばす。

唐三は星斗鎮で、葉知秋から小舞の毒消しを手に入れた。「陰の大勢力」の一員だと打ち明けた葉知秋は、仲間になれと唐三を誘う。彼らは夜火村ばかりか大陸全土で、多くの魂師への武魂変異実験を進めており、その黒幕は昊天斗羅・唐昊だという（こうてんとら　とう・こう／タン・ハオ）。他ならぬ父の名に愕然とした唐三は、真相を知るべく、仲間となるための関門に挑む決意をする。一方、小舞は葉の毒消しでも目覚めず、唐三は大師の分析に従って、藍銀草での解毒を試すことに…

重い荷を背負って山を往復するという課題に挑んだ唐三たち７人。大師には、一同の団結力を高めるという密かな狙いがあった。その思惑どおり、７人は互いに協力し合いながら、なんとか全員が無事に帰還する。唐三には、いつになく積極的に訓練に参加する戴沐白が焦って強くなろうとしているように見えた。その夜、胡列娜に呼び出された戴沐白は精神攻撃を受けて意識を失う。そこへ現れたのは、戴沐白の実の兄・戴惟仕だった。（たい・いし／ダイ・ウェイシー）

戴惟仕との決闘を5日後に控えて、史蘭客学苑の学生たちは数名ずつに分かれて特訓に励んでいた。特訓を重ねるうち、それぞれが自分たちの技の弱点に気づき、克服する方法を編み出していく。その姿を見た学苑長と大師は、彼等の成長を心強く思うのだった。ある晩、特訓を終えた唐三は町へ鍛冶の仕事をしに行き、店先に飾られた風鈴を見て、幼い頃を思い出していた。その寂しげな様子を見た小舞は、あることを思いつく。

戴惟仕との決闘の晩、闘魂場に現れた史蘭客の７人は、戴沐白の指揮の下でそれぞれの武魂を繰り出して戴惟仕に挑む。しかし技はことごとく破られ、戴沐白は負傷。代わって唐三が戦いの指揮を執り、全員の力を巧みに連携させて勝利を勝ち取る。強さが第一だと教えられてきた戴沐白は、勝利に必要なのは力だけではないことを学ぶ。
その夜の戦いぶりを見ていた玉天恒と独孤（ぎょく・てんこう／ユー・ティエンホン）雁が翌日、史蘭客学苑に現れ、戴沐白と唐三に意外な提案をする。

「戴沐白と唐三を天斗王立学苑の学生として魂師学苑大会に出場させたい」という玉天恒らの申し出を学苑長は了承する。申し出の背後には、天斗王国の太子・雪清河の意向が（せつ・せいか／シュエ・チンホー）あった。学生の見聞を広めさせたい学苑長は、全員を連れて天斗の都へ向かう。砂漠へ足を踏み入れた一行が目にしたものは、日干しにされた魂師たちの死体だった。その後、葉知秋が唐三に指示した戦いの場でもある西思の町に到着し、唐三らは意外な人物と再会を果たす。

かつての学友、王聖は町を恐怖で牛耳る凶神戦隊の一員になっていた。力こそ全てという凶神（きょうしん）の考えに反発する唐三だが、腕試しへの決意は揺るがない。そして仲間には大事な用があるとだけ言って別れを告げるのだった。史蘭客一行が都へ出発しようとしたその時、不気味な鳴き声とともに巨大な砂嵐が町を飲み込み、その混乱によって一行はバラバラに。欧思客が、足がすくんで動けなくなった馬紅俊を助けようとしていると角を光らせた沙行獣（さこうじゅう）が現れた。

砂嵐をしずめることに成功した唐三は、凶神戦隊が待つ宿へ戻る。残虐非道な凶神の振る舞いに怒り心頭に発した唐三は、挑戦状を叩きつける。だが、ほとんどの者が四魂環である凶神戦隊との実力の差は明らかだった。勝ち目のない戦いに、個人の戦いなのだから加勢不要だと教え子たちに告げる大師。馬紅俊は、命知らずに構うなという言葉に逆上して戴沐白に詰め寄り、欧思客らに制止される。史蘭客七怪の絆にも亀裂が生じようとしていた。

凶神戦隊との戦いに挑んだ唐三たち。息を合わせ決死の覚悟で戦うものの実力の違いは歴然で、絶体絶命の危機に陥る。もうダメかと思われたその瞬間、唐三が作った武器で一斉に反撃、ついに凶神戦隊を倒すのだった。一同が町民たちの祝福を受ける中、１人で外に出た唐三の前に葉知秋が姿を現し、「魂師学苑大会の決勝に進めば昊天斗羅に会える」と告げて去っていった。天斗の都に到着した一同は、玉天恒が待つ天斗王立学苑へ向かう。

唐三と戴沐白は、学苑長、大師とともに天斗王立学苑の学事司首席のもとへ挨拶に。学籍を史蘭客に残したままの編入という希望を聞いた学苑側は当初、難色を示すが、現れた天斗王国の太子の計らいで承諾を得た。その頃、史蘭客が王立学苑の学生とケンカ騒ぎを起こす。負けた学生が王族だったため雪星親王の怒り（せつ・せい／シュエ・シン）を買い、唐三らの編入は取り消しに。一同はひとまず、訳ありげな藍覇（らんは）学苑に身を寄せるが、そこには意外な人物が…。

藍覇学苑の女学苑長･柳二龍は、蘭徳や王小剛と旧知の仲であった。柳二龍は事情を知（りゅう・じりょう／リウ・アルロン）るやいなや、躊躇なく藍覇学苑を蘭徳らに譲ると決意し、それにより史蘭客学苑は魂師大会出場の資格を得る。蘭徳らは早速、大会出場を申し込みに行くが、借金があることを理由に門前払いされてしまう。それぞれが金策に走り回る中、唐三が行方不明になり、蘭徳や大師は何者かに拉致されたと推測。その頃、唐三は毒煙を操る封号斗羅に捕らわれていた。

唐三は、成功報酬を得る条件で独孤雁と祖父の独孤博（ドゥーグー・ボー）の解毒に取り組むことになる。毒が効かない唐三の体質と武魂を駆使するその方法は、失敗すれば命を落とす大変危険なものだった。その前に一度、学苑へと戻ると、戴沐白が玉天恒と戦い、苦戦を強いられていた。雪星親王が史蘭客学苑に決闘を仕掛けてきていたのだ。独孤博の助力で玉天恒を破った唐三は、一緒にいると言って聞かない小舞も見守る中、命がけの解毒を開始する。

独孤博は、孫娘を救ってくれた唐三への報酬を持ち合わせておらず、代わりにある場所に唐三と小舞を案内する。独孤博ですら通れない透明な障壁を、唐三は藍銀草を用いてくぐりぬけることに成功。世にも希少な薬草であふれる空間が広がり、不意に夢で聞き慣れた声が。声の主は唐三の死んだ母親で、息子のために作ったこの異空間に来るよう呼びかけていたのだ。母親は自分が殺害された経緯を語るが、決して報復してはならないと告げる。

大師の口から、武魂殿と父の関係を聞かされた唐三は、父に会うためにも大会に出たいと強く願っていた。大師は、そんな唐三を大いに励まし、自分も協力すると約束する。小舞は寧栄栄（ニン・ロンロン）にけしかけられて、唐三に口づけしようと試みるが、邪魔が入ってうまくいかない。やっと二人きりになれたその時、栄栄が何者かにさらわれるという事件が起きる。栄栄を心配する唐三と小舞だったが、学苑長の言いつけで仙品薬草を売る競売会へと向かう。

七宝瑠璃宗の宗主・寧風致（ニン･フォンジー）が仙品薬草を落札してくれたおかげで、史蘭客学苑は借金を返済し、魂師学苑大会に正式に出場できることとなった。初戦の対戦相手は雪星親王の息のかかった天斗王立学苑二番隊。試合を目前に控え、唐三たちはそれぞれ魂環を増やすため、魂獣のいる森へと向かう。唐三は、母親からもらった仙品薬草の力を頼りに、自分にふさわしい強さを大きく上回る万年魂獣「地穴魔蛛（ちけつましゅ）」を取り込もうと試みる。

天斗王立学苑との第１戦が始まった。だが、唐三も戴沐白も格上げの影響で、いまだ眠りから目を覚まさない。欧思客と寧栄栄、朱竹清が技を駆使して必死で戦い、なんとか持ちこたえていた。そこへようやく駆けつけた唐三は難なく相手を倒し、史蘭客学苑は初戦を突破することができた。試合のあと唐三は、父の教えと異空間で聞いた母の言葉を思い出し、その意味を考えあぐねていた。その時、唐三を訪ねてきた人物とは…

唐三が独孤博を訪ねると、葉知秋から決勝大会で蒼暉（そうき）学苑に協力するよう持ちかけられたと言う。独孤博は葉知秋が何者かに心を操られていると見抜き、その術を一時的に解くことに。己を取り戻した葉知秋は自らの計画を唐三に打ち明け、もし失敗した時は力を借りる代わりに、昊天斗羅の居場所を探る約束をする。翌日の試合で、葉知秋は目に見えぬ武魂で天斗王立学苑に勝利した。大師は、その武魂の正体を調べるため試合場で痕跡を探すが…。

唐三たちの次の対戦相手は、火系魂師のみを育成する熾火（しか）学苑だった。唐三は藍銀草の耐火性を高める訓練を経て試合に臨む。熾火学苑は炎の壁で唐三たちを囲むが、藍銀草に守られた唐三たちに、その炎は届かない。余裕を持って構えていた唐三たちだったが、やがて全員が空気の不足により倒れてしまった。魂技ですらない単なる火炎放射を受け、反撃もせず、初の敗北を喫した唐三たちを、大師は「敵を侮った結果だ」と激しく叱責する。

史蘭客学苑の弱体化を狙って、雪星親王は欧思客に人気劇団の譲渡を申し出る。条件は学苑を退学し、大会から棄権すること。だが欧思客は断り、仲間に熱い思いを吐露する。一層、結束を固めた史蘭客七怪は蒼暉学苑との試合に臨むが、葉知秋はあっさりと負けを認める。葉知秋には、史蘭客を決勝大会に進ませよという指示が出されていたのだ。審判を務めた武魂殿の菊斗羅（きくとら）は、奇茸通天菊（きじょうつうてんぎく）を食べた戴沐白を弟子にしたくてたまらず、強硬策に打って出る。

決勝大会進出を果たし、武魂城にやってきた史蘭客学苑の一行。武魂殿側の指示で首宗の比比東（ビービードン）と単独で面会した唐三は、両方の武魂を意に反する形で知られることになった。唐三が唐昊の息子だと見破った比比東は、唐三の母の殺害には関与していないと断言する。その後、唐三は再会した胡列娜と、素雲涛を殺した黒い煙の正体について推理。胡列娜から武魂殿の資料の閲覧と引き換えに蒼暉学苑の調査を持ちかけられるのだった。

唐三は大師と共に武魂殿の書庫で過去の記録を調べるうち、両親が襲われた事件の直前に、父を隊長とする船隊が伝説の島「海神（かいじん）島」に向かっていたことを突き止める。しかし、肝心の事件に関する記録は何者かに持ち去られてしまっていた。一方、戴沐白は兄の戴惟仕に武魂の爪を折られたことで消沈し、すっかり戦意を喪失していた。戴沐白を奮い立たせるため、大師は朱竹清に、ある危険な行動を持ちかける。同意した朱竹清が向かった先は…

戴沐白と戴惟仕の試合が始まった。戴沐白は朱竹清と共に息が合った攻撃で、ついに兄を打ち負かす。その頃、唐三と小舞は葉知秋の代わりに武魂殿の内部へと忍び込み謎の人物と接触、大会の優勝賞品である魂骨に、武魂で作られた矢尻を仕込んでいた。比比東の暗殺計画を企てているのが武魂殿内の者だと気付いた唐三は、武魂殿の過去の資料を調べることに。さまざまな出来事を思い起こして対象を絞り込むと、意外な人物が浮かび上がった。

唐三は、菊斗羅が蒼暉学苑と内通して比比東暗殺を企てていると推測。胡列娜の協力で菊斗羅の部屋を調べると、蒼暉学苑に有利に改竄された対戦表が見つかる。胡列娜は菊斗羅が怪しいと比比東に報告するが、取り合ってもらえない。菊斗羅の部屋に咲く花に触れた途端、違う部屋に瞬間移動した唐三と小舞が目撃したものは、無残に殺された多数の魂獣の骨だった。菊斗羅を捕らえて問いただすため、唐三は強者に助太刀を依頼することに。

唐三の前に姿を現した父･唐昊は、蒼暉学苑を勝たせて決勝に進ませるよう要求。さらに、蒼暉が優勝すれば授賞式で武魂殿の首宗を暗殺できると語るが、その計画は蒼暉の学生たちの命を犠牲にするものであった。非情な言葉を怪しんだ唐三は、父に扮した者の正体を暴くことに成功し、さらに暗殺計画の真の首謀者に気づく。蒼暉の棄権によって、決勝は史蘭客学苑と武魂殿の対戦となった。七怪たちは最後の戦いに臨もうとしていた。

魂師学苑大会は、史蘭客学苑と武魂殿による決勝戦を迎えた。武魂殿戦隊の隊長・邪月（シエユエ）のすさまじい戦闘力に翻弄されながらも、唐三ら７人は力を合わせて全力で挑み、死闘の末、ついに勝利を収める。弱小だった史蘭客学苑が魂師学苑大会に優勝したのだ。だが授賞式の場で、小舞がずっと隠してきた重大な秘密が比比東によって暴かれる。衝撃を受ける唐三の前に姿を現した人物とは。そして、唐三と小舞の運命は果たして…。